Sistem pemerintahan menurut konstitusi UUD RIS tahun 1945 adalah

1) Kekuasaan kedaulatan rakyat Indonesia Serikat dilakukan oleh pemerintah bersama-sama dengan Dewan Perwakilan Rakyat dan Senat (pasal 1 ayat (2)).

2) Presiden tidak dapat diganggu gugat, tetapi tanggung jawab kebijaksanaan pemerintah berada di tangan menteri-menteri, baik secara bersama-sama untuk seluruh maupun masing-masing untuk bagiannya sendiri-sendiri (pasal 118 ayat (1)).

3) Kabinet yang dipimpin Perdana Menteri, bertanggung jawab kepada parlemen.

4) Susunan anggota dan program kabinet didasarkan atas suara terbanyak parlemen.

5) Masa jabatan kabinet tidak ditentukan dengan pasti lamanya.

6) Kabinet sewaktu-waktu dapat dijatuhkan oleh parlemen, sebaliknya pemerintah dapat membubarkan parlemen atau DPR bila dianggap tidak menyuarakan kehendak rakyat dan tidak representatif.

7) RIS menganut sistem perwakilan bikameral (dua kamar) yaitu senat (perwakilan daerah) dan DPR. Senat (dua orang per daerah) bersama pemerintah dan DPR berwenang mengubah konstitusi RIS, menetapkan undang-undang federal dan anggaran belanja RIS. Senat juga berwenang memberi pertimbangan/nasihat kepada pemerintah baik diminta maupun tidak.